如果你考虑 短途周末游（2天左右），日本各地都有不少适合的城市和景区，取决于你所在的位置。这里我按主要出发地（东京、大阪、名古屋、福冈）来分类，方便你参考：
从东京出发
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箱根（神奈川）：温泉、芦之湖、富士山远景；艺术类博物馆也很多。
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日光（栃木）：世界遗产东照宫、华严瀑布、中禅寺湖。
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伊豆半岛（静冈）：海岸线、温泉、美食，夏天还有海水浴。
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镰仓 & 江之岛（神奈川）：古都氛围、大佛、寺院、湘南海岸。
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秩父（埼玉）：自然、神社、芝樱、羊山公园。
从大阪 / 京都出发
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奈良：东大寺、奈良公园的梅花鹿。
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姬路（兵库）：世界遗产姬路城，被称为“白鹭城”。
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神户：异人馆、港口夜景、六甲山温泉。
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和歌山・白滨：温泉、沙滩、熊野古道（适合徒步）。
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彦根（滋贺）：彦根城、琵琶湖。
从名古屋出发
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高山 & 白川乡（岐阜）：合掌造村落、传统街道，冬季雪景尤其美。
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伊势志摩（三重）：伊势神宫、海鲜美食。
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下吕温泉（岐阜）：日本三大名泉之一。
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犬山（爱知）：犬山城、城下町散策。
从福冈出发
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长崎：出岛、哥拉巴园、夜景；融合了西洋文化的历史港口。
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别府 & 由布院（大分）：温泉地代表，“地狱巡游”很有特色。
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熊本：熊本城、阿苏火山草原。
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佐世保 & 豪斯登堡：主题乐园和海港风光。
适合各地周末自然小旅行的景区
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富士五湖（山梨）：河口湖最适合看富士山。
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轻井泽（长野）：避暑胜地，购物和自然兼具。
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宫岛（广岛）：海上鸟居、弥山徒步。
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小樽（北海道札幌附近）：运河、玻璃工艺、美食。